Bij het maken van projectvoorstellen en eindproducten moeten instellingen gebruik maken van het Masterprotocol. Dit is een methode voor het opstellen van protocollen en richtlijnen die uniforme kwaliteit van de ontwikkelde producten garandeert.
Het Masterprotocol is gebaseerd op een overzicht van Resultaten Scoren. In het Masterprotocol kun je bijvoorbeeld terugvinden uit welke componenten een literatuurstudie moet bestaan, of hoe een (handelings)protocol moet worden opgebouwd.